Thu thập ý kiến của đại chúng về danh xưng của tháp được tiến hành từ tháng 10 đến tháng 11 năm 2007. Ngày 19 tháng 3 năm 2008, một ủy ban lựa chọn ra sáu tên ứng cử vào chung kết: Tōkyō Sukaitsurī (東京スカイツリー, Tōkyō Sukaitsurī?, "Tokyo sky tree"), Tōkyō Edo Tawā (東京EDOタワー, Tōkyō Edo Tawā?, "Tokyo Edo tower"), Raijingu Tawā (ライジングタワー, Raijingu Tawā?, "Rising tower"), Mirai Tawā (みらいタワー, Mirai Tawā?, "tháp tương lai"), Yumemi Yagura (ゆめみやぐら, Yumemi Yagura?, "mộng tháp"), Raijingu Īsuto Tawā (ライジングイーストタワー, Raijingu Īsuto Tawā?, "tháp thăng đông"). Tên chính thức được quyết định trong một cuộc bỏ phiếu toàn quốc, và được công bố vào ngày 10 tháng 6 năm 2008 với chiến thắng của "Tokyo Skytree". Tên gọi này nhận được khoảng 33.000 phiếu (30%) trong số 110.000, tên được số phiếu cao thứ nhì là "Tokyo Edo Tower".[17]

Do tên gọi được quyết định trong tiếng Nhật vốn không có khoảng cách giữa các ký tự, không rõ viết theo tiếng Anh là "Tokyo Skytree" hay "Tokyo Sky Tree". Trang thông tin chính thức của tháp sử dụng "TOKYO SKYTREE" (viết hoa), một thương hiệu được đăng ký trong tiếng Anh, song phiên bản trên biểu trưng thì là "SKY TREE".

Chiều cao 634 m (2.080 ft) được chọn do dễ nhớ. Các con số 6 (mu), 3 (sa), 4 (shi) tạo thành "Musashi", tên cổ của khu vực mà Tokyo Skytree nằm trên.[18]